한국과학기술진흥재단은 1996년 3월 2일 한국과학문화재단으로 명칭을 변경한다. 청소년과 일반 국민이 생활 속 과학화를 실천할 수 있도록 다양한 사업을 전개해 과학기술 진흥에 기여하고자 했던 재단의 성격이 시대적인 환경 변화에 따라 과학문화 확산을 주도하는 방향으로 전환되면서 명칭도 그게 걸맞게 변경한 것이었다. 과학문화확산은 과학기술의 진흥보다 훨씬 포괄적인 의미로, 재단이 추진하는 사업의 성격 역시 확대 전환되는 상황에서 내린 결정이었다.

이러한 움직임 속에서 1997년에는 「과학기술혁신을 위한 특별법」이 제정되면서 재단의 활동이 법으로 보장되었다. 이 법은 한국과학문화재단의 활동을 법으로 보장했다는 점에서 재단의 위상에 매우 큰 의미를 갖는다. 이후 2001년 과학기술의 발전과 국가 경쟁력 강화를 통해 국민경제 발전을 도모하고 나아가 국민의 삶의 질 향상과 인류사회 발전에 이바지하는 것을 목적으로 「과학기술기본법」이 제정되면서 재단은 과학문화 확산사업을 추진하는 전문기관으로서 또 한 번 위상을 공고히 할 수 있었다.

이와 함께 재단은 국민과 함께 하는 과학문화 활동을 활발히 펼쳐 나갔다. 특히 1997년에는 국민과 함께 과학기술의 발전상과 미래 비전을 제시하기 위해 ‘제1회 대한민국과학축전’을 개최했는데, 축전은 이후 우리나라를 대표하는 과학축전으로 자리 잡았다. 이어서 1999년에는 과학기술부의 후원을 받아 지방자치단체와 공동으로 지역과학축전을 개최했으며, 4월 과학의 달을 맞아 매년 가족 중심의 과학체험 행사인 가족과학축제를 개최했다.

아울러 재단은 과학기술 관련 TV 프로그램을 지원해 큰 성공을 거두며 과학문화 확산을 위한 사업의 새로운 전기를 마련하기도 했다. 특히 SBS와 함께 제작한 ‘호기심천국’은 매회 30%를 상회하는 시청률을 기록하면서 방송위원회 선정 올해의 최우수 방송 프로그램으로 선정되는 놀라운 성과를 거두었다. 이외에도 SBS가 한국과학기술원(KAIST) 학생들의 학문탐구에 대한 애환을 소재로 자체 제작해 방영한 일요 드라마 ‘카이스트’(시청률 19%), MBC ‘자연은 살아 있다’(시청률 19%), KBS 1TV ‘재미있는 동물의 세계’(시청률 11.5%) 등 다양한 프로그램의 제작을 지원해 과학기술문화 확산에 기여했다.

이외에도 1999년부터 우수과학도서 인증사업을 시행했으며, 2001년부터는 농어촌 지역이나 산간벽지 지역 초등학생을 대상으로 과학도서를 보급하는 사이언스 북스타트 사업을 실시했다. 과학과 과학문화에 대한 일반인들의 인식을 파악하기 위한 국민이해도 조사 역시2000년부터 격년으로 실시해 오고 있다.

새로운 매체를 이용한 과학문화 확산도 본격적으로 이뤄졌다. 1999년 4월 오픈한 인터넷 속의 과학천국 ‘코사이넷(KOSCINET)’ 사이트가 동아디지털 대상 콘텐츠 부문 대상을 수상하는 등 큰 인기를 끈 후 2001년 과학포털 사이트 사이언스올로 전면 개편해 지금까지 이어지고 있다. 2004년에는 인터넷신문 사이언스타임즈를 2004년 창간했으며, 2007년에는 과학기술전문 방송 사이언스TV를 개국할 수 있었다.

2004년에는 정부가 추진한 범사회적 과학문화운동 ‘사이언스코리아’의 전담기관으로 선정되어 국민 모두가 지역커뮤니티에서 쉽고 재미있게 과학기술을 접할 수 있는 생활과학교실, 지방의 한 도시나 서울의 구를 선정해 한 해 동안 각종 과학 관련 행사 및 사업을 집중 추진하는 과학문화도시, 사회 각계의 지도층에 있는 리더들에게 과학기술에 대한 관심과 안목을 제고할 수 있도록 강연을 제공하는 사이언스 포리더스, 국회의원 1명과 과학자 5명을 연계시켜 정책구상 뒷받침은 물론 과학정책 이슈를 토론하는 장을 만드는 과학과 국회의 만남 등 다양한 프로그램을 개발·운영했다.