2008년 정부가 「과학기술진흥법」을 개정하면서 한국과학문화재단은 기존의 과학문화 확산사업에 더해 과학영재양성, 수학·과학교육, 창의인재양성 양성 등 새로운 기능을 부여받게 되었다. 이에 재단은 2008년 9월 6일 “과학기술에 대한 국민의 이해 증진을 통한 과학기술문화 창달, 수학·과학교육 강화를 통한 창의적 인재 영재 육성, 과학기술과 타 분야와의 소통 융합 촉진”이라는 설립 목적을 수립하고 (재)한국과학창의재단으로 새롭게 출범했다.

재단은 새로운 명칭과 역할을 부여받은 이후 가장 먼저 사업을 이관 받아 과학영재 발굴·육성을 위한 정책개발 기능을 수행해 나갔다. 또한 수학·과학교육 내실화에 착수해 2009년과 2015년 2회에 걸쳐 개정된 교육과정에서 수학·과학 개정 교육과정을 연구·개발하는 한편, 초등학교 수학·과학 국정 교과서를 편찬하고 중·고교 수학·과학교과서를 검·인정하는 업무를 담당하고 있다. 아울러 수학·과학교육에 최적화된 교과교실 환경을 조성하고 이를 활용해 수학·과학 중심의 특성화된 교육과정의 운영을 모색해 2009년부터 인문적 소양과 심화된 과학지식을 갖춘 인재를 양성하기 위해 일반계 고교의 교육과정 중 수학·과학 과목이 차지하는 비율을 강화 실시하는 과학중점학교를 운영하기 시작했다.

창의·인성교육의 추진에 있어서는 2011년 2월 창의적 체험활동 종합지원 시스템인 ‘창의·인성교육넷 크레존(www.crezone.net)’을 오픈해 창의적 체험활동 교육과정의 현장착근을 지원하고 있으며, 2010년부터 교원을 대상으로 각 분야 창의성 전문가와 함께하는 ‘창의·인성교육 현장포럼’을 시작해 2017년 현재 약 100여 회를 개최했다. 이외에도 체험과 실습 중심의 체계적인 교원 연수, 창의·인성교육 거점센터 운영, 창의·인성 우수학교 선정 및 창의·인성 모델학교 운영 등 다양한 노력을 펼치고 있다.

아울러 재단은 2011년 정부로부터 ‘교육기부센터’로 지정되어 교육기부를 위한 전략을 수립하고 다양한 사업을 추진하고 있다. 그 결과 다양한 기업·기관·대학 등과 교육기부 MOU를 맺고 2012년 이후 매년 대한민국교육기부박람회와 대한민국 교육기부대상 시상식을 개최하고 있으며, 2011년부터 교육기부 인증제를 운영하고 있다. 아울러 재단은 온라인 교육기부 포털 사이트(www.teachforkorea.go.kr) 운영하며 교육기부 원스톱(One-Stop) 서비스를 제공하고 교육기부 기관과 수혜자를 연결해 주고 있다.

이외에도 재단은 2011년부터 융합인재교육(STEAM)을 추진해 STEAM 교육 개념을 정립하고, STEAM 교사연구회 지원 등을 통해 다양한 STEAM 프로그램을 개발해 오고 있다. 이를 통해 2012년에는 일반인들에게 STEAM 교육에 대한 인식 확산을 위해 STEAM 페어를 개최했으며, 2013년부터 학생 스스로 주제를 선정하고 교사의 지도를 받아 연구를 수행하는 과정을 통해 자기주도적 학습 기회를 확대하고 창의력 및 문제해결 역량을 함양하는 활동인 STEAM R&E를 실시하고 있다.

한편 재단은 2011년 7월 정부로부터 ‘특정연구기관’ 지정을 받아 재단 발전을 위한 큰 도약의 발판을 마련했다. 특정연구기관으로 지정된 것은 1967년 민간기구로 출범한 지 45년 만에 공공연구기관으로서의 정체성을 확보한 것으로, 이에 따라 정책·기획, 연구·개발, 업무 등 그간 취약했던 분야에 집중할 수 있는 계기가 되었다. 2012년에는 교육과학기술부로부터 ‘종합교육연수원’과 ‘원격교육연수원’ 인가를 받아 재단 고유의 교육연수 활동에 새로운 전기를 마련하게 되었다. 이로써 재단은 교원을 대상으로 자격 취득이나 능력 배양에 필요한 연수과정을 운영하고 학점을 부여할 수 있게 되었다.